En un futuro cercano, la humanidad ha alcanzado un punto en el que es posible reemplazar por completo el cuerpo, ya sea de carne orgánica o partes mecánicas. Este avance mejora enormemente las capacidades físicas y cibernéticas, difuminando la línea entre ambos ámbitos. Sin embargo, los criminales también aprovechan al máximo dicha tecnología, lo que da lugar a formas de crimen nuevas y a menudo altamente peligrosas. Para abordar estas amenazas innovadoras, el gobierno japonés establece la Sección 9, una unidad policial de operación independiente que maneja estos casos criminales sensibles.
Liderada por Daisuke Aramaki y Motoko Kusanagi, la Sección 9 lidia con estos crímenes en todo el espectro social, logrando generalmente el éxito. Sin embargo, al enfrentarse a un nuevo hacker de élite apodado «The Laughing Man», el equipo se ve envuelto en un peligroso juego del gato y el ratón, siguiendo el rastro del hacker mientras este deja su huella en Japón.
