Cuando los científicos explotan un fósil del Pokémon Mítico Mew, crean a Mewtwo, un Pokémon Legendario diseñado como un arma de destrucción que desafía las leyes naturales. Al adquirir autoconciencia y resentir sus orígenes, Mewtwo lanza un ataque de venganza contra sus creadores humanos. Satoshi, Pikachu y sus amigos se ven envueltos en este caos. Con el futuro del mundo Pokémon en juego, los héroes deben enfrentar el asalto de Mewtwo mientras la criatura misma busca un nuevo propósito en su existencia.
