En el año 2020, un país está bajo la constante amenaza de los «Otros», monstruos misteriosos que descienden del cielo y se alimentan de cerebros humanos. Casi al mismo tiempo, se descubre la psiónica —una hormona que otorga a ciertos individuos habilidades extrasensoriales efectivas contra estas criaturas— dentro del cuerpo humano. En respuesta, el fundador de la nación establece la Fuerza de Supresión de los Otros (OSF) para luchar contra los monstruos y proteger a la humanidad. Conocidos como los Guardianes Escarlata, los jóvenes con psiónica se someten a un riguroso entrenamiento para unirse a esta organización.
Un día, la nación celebra una ceremonia de incorporación para los reclutas excepcionales que han completado el exigente entrenamiento para convertirse en Guardianes Escarlata. Entre estos jóvenes de élite se encuentra Yuito Sumeragi, el decidido hijo del fundador de la nación. A los cinco años, fue rescatado por una mujer de la OSF, y se une a la organización para devolver esa deuda, ansioso por aplicar su entrenamiento. Al conocer a sus nuevos compañeros, se encuentra con un problema importante: la mujer que lo salvó años atrás guarda un asombroso parecido con un miembro de su equipo. Sin embargo, esto es lo menos que le preocupa, pues sin que él lo sepa, se está gestando una conspiración capaz de sacudir todo el país.
