Yagi Takeru ha vivido bajo el techo de la familia Touma desde que perdió a sus padres, criado por el cabeza de familia, Touma Rokunosuke. Sus días transcurren en compañía de Yamato Takeshi, su mejor amigo y rival del club de kendo; las hermanas Shiratori, Kotono y Asuka; y Oosu Seri, con quien compartió su infancia. La vida parece tranquila hasta que un día un terremoto sacude la escuela, cambiándolo todo. Cuando Takeru recobra el conocimiento, descubre que la escuela se ha deteriorado hasta convertirse en ruinas, como si hubiera sido abandonada durante siglos. Se da cuenta de que todos los profesores y estudiantes han desaparecido. Se reúne con Seri y Asuka, y huyen de las ruinas, solo para descubrir que el pueblo que conocían está completamente desierto. Entonces, figuras envueltas en capas aparecen ante ellos, informándoles de que han sido transportados a otro mundo.