Miles de jugadores quedaron atrapados dentro del juego de realidad virtual The New Gate, y el jugador de élite Shinya Kiritani decidió vencer el juego para que todos pudieran finalmente regresar a casa. Tras derrotar por sí solo al jefe final, Shinya es transportado a un nuevo mundo que se ve casi idéntico al que acaba de escapar.
Shinya se da cuenta de que, mientras su menú de juego y habilidades permanezcan sin cambios, no tiene forma de salir de este mundo extrañamente familiar. Mientras busca una manera de escapar de esta nueva prisión dimensional, Shinya se encuentra con Tiera Lucent, una recepcionista de hotel que es protegida de Schnee Raizar, quien fue miembro del grupo de Shinya en el pasado. Este destello de esperanza impulsa a Shinya a reunirse con Schnee y descubrir la verdad detrás de The New Gate.
