Para el estudiante de secundaria Shouichi Kamita, las preocupaciones sobre los exámenes de ingreso a la universidad y lo que le espera son inquietudes típicas. Sin embargo, también es en esta etapa de la vida cuando una emoción desconcertante, una que afecta a personas de cualquier edad, puede empezar a ocupar sus pensamientos: el amor romántico.
En este momento de su adolescencia, Shouichi conoce a tres chicas con las que puede imaginarse un futuro: la siempre alegre Hikari Tsuneki, que lo molesta sin piedad pero revela un lado gentil; la jugadora competitiva Tooru Miyamae, que tiene dificultades para expresarse ante los demás; y la amiga de la infancia de Shouichi, Kyouko Touno, una entusiasta ocasionalmente inmadura del shoujo manga. Seiren traza las conexiones de Shouichi con estas tres chicas a través de tres tramas distintas, a medida que sus sentimientos evolucionan de la atracción mutua a algo más profundo.
