El legendario Santo Grial, capaz de conceder cualquier deseo, ha sido el origen de tres conflictos sangrientos que terminaron en destrucción absoluta. A pesar de este oscuro pasado, la rica familia Einzbern mantiene la certeza de que la Cuarta Guerra del Santo Grial tendrá un ganador, especialmente ahora que cuentan con un recipiente digno para el Grial. Para garantizar el éxito, reclutan a Kiritsugu Emiya, el despreciado «Asesino de Magos», sellando su pacto mediante su matrimonio con Irisviel, la única hija de la familia.
Kiritsugu se adentra en una lucha a muerte con siete participantes, cada uno liderando un familiar antiguo y guiado por motivaciones propias. Acompañado por su propio Servant, Saber, el mercenario se enfrenta a su rival más peligroso: Kirei Kotomine, un sacerdote que busca su redención personal cazando a Kiritsugu. Basada en la novela ligera de Gen Urobuchi, Fate/Zero relata los sucesos de la Cuarta Guerra del Santo Grial, ocurridos una década antes de los eventos de Fate/stay night. Esta historia presenta un cruento battle royale donde la supervivencia no está asegurada.