Tras la repentina muerte de su padre, Momo Miyaura, de 11 años, se muda desde Tokio junto a su madre a una remota isla antigua en el mar interior de Seto. El único recuerdo que conserva de su padre es una carta inacabada que contiene solo dos palabras: «Querida Momo» —y la persistente inquietud que esto le causa en el corazón.
En el desconocido pueblo pequeño, Momo intenta a regañadientes adaptarse a los deteriorados edificios de madera, los silenciosos campos de cultivo y los misteriosos santuarios aislados. Un día, mientras explora el desván de su nueva casa, descubre un gastado libro ilustrado sobre youkai. Tras este hallazgo, comienzan a suceder extraños acontecimientos por el pueblo, y Momo recibe la visita de tres molestos youkai.
Momo e no Tegami cuenta la historia de una joven que lucha por adaptarse a su extraña nueva vida y, finalmente, por aceptar la misteriosa carta de su padre.