Los ninjas fueron alguna vez semidioses despiadados que gobernaban Japón con sus artes marciales durante una era de tranquilidad. Sin embargo, unos pocos practicaron un hara-kiri prohibido, almacenando sus almas en el Templo Kinkaku para resucitar más tarde. Su historia fue falseada, y la verdad sobre estos ninjas se desvaneció en el olvido. En el futuro, donde la tecnología cibernética y las redes electrónicas reinan supremas, almas ninja siniestras resucitadas de milenios atrás son liberadas en las oscuras sombras de Neo-Saitama. Fujikido Kenji, un salaryman, pierde a su esposa e hijo en una guerra territorial ninja. Enfrentando su propia muerte, es poseído por un alma ninja enigmática. Sobreviviendo a este encuentro, Fujikido se convierte en Ninja Slayer, un segador de almas dedicado a erradicar ninjas malignos y a buscar venganza personal. Ambientado en el inframundo distópico de Neo-Saitama, Ninja Slayer se enfrenta en combate mortal contra los ninjas del Soukai Syndicate.
