Illyasviel "Illya" von Einzbern se despierta en una versión paralela de la ciudad de Fuyuki, perdida y completamente sola. Descubre que su casa ha quedado reducida a escombros, con un enorme cráter abierto en medio de su ciudad natal. Nieve cae en pleno verano, dejando desconcertada a la joven estudiante de primaria: no tiene idea de dónde pueden estar sus amigos o su varita Ruby.
Al llegar a los restos de su hogar, Illya es repentinamente derribada por una chica que sufre de amnesia. Vestida con un uniforme de gimnasia a pesar del frío intenso, esta enigmática chica no recuerda dónde está ni por qué apareció. Sin embargo, esta desconocida, llamada Tanaka, aparentemente sabe el paradero de Rin Toosaka, Miyu Edelfelt y los otros amigos desaparecidos de Illya.
Mientras huyen de los agentes de la familia Ainsworth —los gobernantes de este mundo paralelo—, ¿dónde terminarán estas dos, y cómo puede Illya restaurar el presente al mundo que una vez conoció?
