En un mundo donde los Pokémon coexisten y se comunican, artefactos legendarios llamados Time Gears preservan el flujo del tiempo en sus respectivas regiones. Sacar un Time Gear de su ubicación congela el tiempo en esa área, por lo que incluso los Pokémon malvados evitan robarlos. Sin embargo, recientemente, anomalías temporales se han extendido por la tierra, provocando la aparición de Mystery Dungeons y que los Pokémon se vuelvan violentos. Se han formado equipos de exploración de Pokémon para investigar estas mazmorras, capturar a los Pokémon agresivos y restaurar el orden.
Las perturbaciones en el tiempo no se deben al reciente robo de los Time Gears, sino al paulatino colapso de la Temporal Tower y a que Dialga se transforma en Dark Dialga. El infame Juptile, famoso por sus robos, sustrajo los Time Gears para llevarlos a la Temporal Tower y detener su deterioro. El equipo de exploración Team Pokédans —formado por Hikozaru y Pochama, que antaño fue humano— debe unir fuerzas con Juptile para viajar a la Phantom Land, donde se alza la Temporal Tower. Si el trío fracasa, la torre se derrumbará por completo, dejando todo el mundo congelado en el tiempo para siempre.
