Miramax Films

En el año 2113 d.C., un equipo científico viaja a la Antártida para investigar una extraña actividad sísmica, descubriendo marcas similares a las de Nazca y una enorme caverna subterránea que contiene una torre misteriosa. Cuando la torre emite una frecuencia mortal, los miembros de la expedición y sus observadores remotos perecen. El análisis revela que esta señal es un faro dirigido a Elysium, un planeta fuera de nuestro sistema solar. Van, un joven repartidor de pizza de 18 años en Manhattan, también es participante en las carreras de jai alai turbo, el peligroso deporte del siglo XXII que combina realidad virtual con altas velocidades. Profundamente enamorado de la bailarina Lydia, Van espera ganar una carrera para conseguir entradas a un resort galáctico donde ella pueda audicionar para el Ballet de Júpiter, permitiéndoles escapar de su ciudad contaminada. Mientras tanto, la nave de observación del espacio profundo Odyssey se encuentra con una flota elisia. Cuando las armas del Odyssey fallan y destruyen una nave elisia, los alienígenas contraatacan con un devastador ataque a la Tierra. Mientras la andanada elisia golpea Manhattan, Van lucha a través del caos en su turbociclo para salvar a Lydia del estadio que se derrumba. Con las ciudades de todo el mundo bajo asedio, la pareja huye por las calles en llamas, encontrando finalmente refugio temporal en un estrecho refugio antiatómico.

Jesse, James y Meowth han terminado de construir una enorme nueva base del Team Rocket y están a punto de organizar una gran gala para mostrársela a su jefe. Varios Pokémon Whismur, cada uno sosteniendo una maraca, han sido esclavizados para proveer el entretenimiento de la noche, para su desagrado. Sin embargo, cuando Pikachu, Torchic, Mudkip y el resto del grupo se cuelan en la base y localizan la celda de los Whismur, se dan cuenta de que deben liberar a sus compañeros capturados. Durante el posterior intento de fuga, tanto amigos como enemigos no pueden evitar comenzar a bailar en grupo por todas partes.

Un día mientras jugaban en la playa, Pikachu y sus compañeros Pokémon divisan una gran mansión cerca. Mientras deambulan por la propiedad buscando algo divertido que hacer, se topan con un estricto Yogiras que mantiene todo ordenado en la casa y su jardín. Aunque Yogiras se queja de su presencia, tanto sus propios amigos como el grupo de Pikachu comienzan un animado juego de escondite. Frustrado porque nadie le hace caso, Yogiras patea una piedra que accidentalmente golpea un cortacésped y lo enciende. El cortacésped descontrolado comienza a perseguir a todos los Pokémon. Con todos en peligro, Pikachu, Yogiras y todos sus amigos deben trabajar juntos para mantenerse a salvo.

Pikachu and some of the other pokemon camp out in the woods and help the Pichu brothers get on the train.

Con el regreso del Cometa Milenario al cielo tras una larga ausencia, se dice que su aparición concede los deseos de cualquiera que lo presencie sobre ellos. Satoshi y sus compañeros están ansiosos por ver el Festival del Milenio, especialmente cuando presencian un espectáculo de magia realizado por el Gran Butler. Aún más intrigante es el extraño capullo que Butler lleva consigo; desde él, Masato escucha una misteriosa voz que lo llama. Cuando Jirachi despierta de su sueño, Masato gana un nuevo compañero; lamentablemente, solo durante el breve tiempo que el Cometa Milenario es visible en el cielo. Masato está decidido a disfrutar cada momento con su nuevo amigo, pero el Gran Butler tiene sus propias intenciones siniestras para Jirachi. Su objetivo es revivir al legendario Groudon, y Jirachi podría ser capaz de hacer realidad ese deseo. ¿Podrán Masato, Satoshi, Haruka y Takeshi frustrar el plan de Butler y rescatar a Jirachi antes de que Groudon reaparezca para traer la ruina a la tierra?

La ciudad de alta tecnología de LaRousse es un destino impresionante, y también un escenario igualmente impresionante para las batallas Pokémon. Satoshi se dirige directamente a su famosa Torre de Batalla, pero las cosas van mal cuando su compañero de combate resulta ser un niño asustado llamado Tooi. Debido a un encuentro traumático en la infancia, Tooi siente terror por todos los Pokémon, ¡incluso por los amigables como Pikachu! Hay aún más motivos para temer cuando Deoxys aparece y toma el control de la ciudad, desactivando sus sistemas y tomando a todos como rehenes. El legendario Rayquaza no está contento y no se detendrá ante nada para expulsar a este intruso de su dominio. Mientras tanto, Satoshi, Tooi y sus amigos pueden quedar atrapados en medio, ¡pero están lejos de rendirse en la lucha!

Continuando su aventura en la región de Johto, Satoshi y sus amigos llegan a Altomare, una ciudad isleña conocida por su competencia anual de Carreras Acuáticas Pokémon. Mientras Takeshi y Kasumi disfrutan de las festividades, comienzan a sucederle cosas extrañas a Satoshi: inexplicablemente pierde la carrera, presencia a unas mujeres atacando a una chica con sus Pokémon, e incluso después de que él y Pikachu la rescatan, la chica luego niega haberlos conocido. Afortunadamente, Satoshi pronto comprende la situación cuando descubre que la chica que él y Pikachu rescataron era en realidad un Pokémon llamado Latias, que a menudo toma la forma de su amiga humana Kanon. Latias, junto con otro Pokémon llamado Latios, es conocida como el Pokémon Eón. Juntos protegen Altomare junto con un místico orbe azul conocido como el Soul Dew. Una antigua leyenda de Altomare, profundamente ligada a los Pokémon Eón y al Soul Dew, es bien conocida entre los lugareños—y también por las hermanas Zanner y Lyon, las ladronas que atacaron a Latias anteriormente. Mientras las criminales intentan capturar tanto a los Pokémon Eón como al Soul Dew, Satoshi debe intervenir para evitar que una catástrofe azote Altomare.

Serebii, un Pokémon legendario con el poder de viajar en el tiempo, es perseguido por un cazador furtivo sin nombre que quiere capturarlo. Cuando Yukinari, un joven que entrena Pokémon y disfruta dibujándolos, intenta ayudar a Serebii después de que este choca contra él, ambos desaparecen repentinamente sin dejar rastro durante la huida. Cuarenta años después, Satoshi, un entrenador ambicioso, explora su zona local con la esperanza de avistar Pokémon raros. White, quien transporta en bote, lleva a Satoshi a su aldea. A Satoshi lo acompañan sus tres amigos más cercanos: Takeshi, quien antes fue líder de gimnasio y se prepara para ser un criador Pokémon de élite; Kasumi, una joven que aspira a convertirse en una hábil entrenadora de tipo Agua; y Pikachu, el primer Pokémon compañero de Satoshi. Al mismo tiempo, Yukinari y Serebii reaparecen en el presente de Satoshi y se encuentran con su grupo. Lord Vicious, el ejecutivo más poderoso del Team Rocket, tiene como objetivo capturar a Serebii. Usando la Dark Ball —un tipo especial de Monster Ball que corrompe a cualquier Pokémon capturado en su interior y desata su máxima fuerza—, Vicious convierte a Pokémon inocentes en enemigos peligrosos y poderosos, incluido el propio Serebii. Atrapados en una situación difícil, Satoshi, Yukinari y sus amigos deben unir fuerzas para derrotar a Vicious y rescatar a Serebii, así como a ellos mismos.