Tras dominar la galaxia, la humanidad ha alcanzado su cúspide y ahora enfrenta un lento declive. Los recursos universales están menguando, y aproximadamente 500 mil millones de humanos comienzan a regresar a la Tierra. Esto desata un conflicto entre varias facciones humanas que compiten por el control del planeta. Finalmente, un régimen autoritario llamado Gaia Sanction detiene la repoblación de la Tierra.
El capitán Herlock era miembro del Elite Wing, asignado por Gaia Sanction para proteger la Tierra. Su flota era invencible bajo su liderazgo. Sin embargo, Gaia Sanction permite que una élite diplomática emigre a la Tierra, enfureciendo a Herlock. Él se vuelve rebelde, atacando a los diplomáticos y a su propia flota. Luego libera materia oscura sobre el planeta para volverlo inhabitable, pero queda envuelto en ella, lo que le otorga inmortalidad.
Un siglo después, el legendario capitán Herlock sigue prófugo, ahora al mando únicamente del Arcadia. Gaia Sanction continúa su plan para controlar la Tierra mientras oculta su verdadera condición. Sin embargo, el capitán Herlock se prepara para un enfrentamiento final con ellos, uno que decidirá el destino del mundo.
