En Arkham Asylum, Batman se enfrenta a Gorilla Grodd en una pelea mientras intenta destruir el último invento de Grodd: el Quake Engine. Durante la pelea, la máquina se activa y todo el asilo desaparece en el aire junto con Batman. Cuando el caos se calma, Batman se encuentra de pie en un camino desconocido. Rápidamente se da cuenta de que ya no está en Gotham City, sino en el Japón feudal.
La sensación de asombro se desvanece cuando unos samurai lo atacan, decididos a matarlo. Mientras Batman investiga, descubre que quien ordenó su muerte es su viejo némesis, el Joker. Después de encontrarse con Catwoman, se entera de que los criminales del asilo llegaron allí dos años antes, cada uno gobernando una región diferente de Japón, con el Joker reinando como el señor de la guerra dominante.
Para regresar a casa, Batman debe reactivar el Quake Engine, que se encuentra en los restos del asilo, ahora conocido como Arkham Castle. Sin embargo, hay un gran problema: aparte de su cinturón de herramientas, la mayor parte de su arsenal ha desaparecido. Ninja Batman sigue al Caballero Oscuro mientras navega por un extraño mundo nuevo, enfrentándose a enemigos familiares en su búsqueda por regresar a Gotham sano y salvo.
