Shoujo-tachi wa Kouya wo Mezasu gira en torno a descubrir la propia identidad y el propósito de la vida, sin importar lo poco convencional que pueda ser el camino.
Buntarou Hojo, un estudiante de secundaria con talento para la escritura, carece de dirección clara o ambiciones futuras. Su compañera de clase Sayuki Kuroda reconoce su habilidad y decide guiarlo para que la aplique de manera significativa, reclutándolo en su equipo de desarrollo de juegos bishoujo.
Cuando Sayuki acorrala a Buntarou en el baño de hombres de la escuela, él se sobresalta pensando que es una invitación a una cita. Su sorpresa aumenta al descubrir que en realidad es una entrevista de trabajo. Aceptando a regañadientes, la pareja comienza a reunir más miembros para su equipo. En el proceso, quizás descubran no solo los entresijos de la creación de juegos, sino también lecciones sobre la vida misma.