Hace cincuenta años, un gigante de luz extraterrestre llamado Ultraman salvó la Tierra y luego desapareció. El anfitrión humano de Ultraman, Shin Hayata, quedó sin ningún recuerdo de su tiempo como héroe. El joven hijo de Hayata, Shinjirou, descubre que nació con un cuerpo mucho más fuerte y resistente que el de cualquier humano normal. La organización que una vez ayudó a Ultraman, el SSSP, le revela a Hayata su pasado. Su padre se vuelve a poner un traje de poder, asumiendo nuevamente el papel de Ultraman.
Una noche, Shinjirou es atacado por un alienígena llamado Bemular y es rescatado por su padre, quien resulta gravemente herido en la pelea. Con peligrosos alienígenas acechando en la ciudad y Hayata imposibilitado para actuar, le toca a Shinjirou tomar la antorcha. Pero mientras trabaja con el SSSP como el nuevo Ultraman, Shinjirou se encuentra cuestionando hasta dónde está dispuesto a llegar para ayudar a la gente.
