En la Academia Shiomi, existe una leyenda sobre "el Shepherd"—una figura misteriosa que supuestamente se aparece a los estudiantes diligentes y les concede un deseo.
Kyoutarou Kakei, un estudiante de segundo año que sirve como líder no oficial del Club de la Biblioteca, está profundamente absorto en un libro dentro de la famosa Gran Biblioteca de la escuela cuando recibe un correo electrónico inesperado del Shepherd. El mensaje le advierte de un evento inminente que alterará su destino. Preocupado por esto, Kyoutarou se apresura a una estación de tren cercana, donde ve a su compañera Tsugumi Shirasaki en peligro. Logra salvarla justo cuando un tren se descarrila y casi la golpea. En agradecimiento por su valentía, Tsugumi decide unirse al Club de la Biblioteca e invita a Kyoutarou a participar en su secreto "Shiomi Happy Project". Junto con otros nuevos miembros del club, trabajan juntos para mejorar la academia y buscar la verdadera identidad del escurridizo Shepherd.
