Tras una serie de ataques que han drenado la energía mágica tanto de profesores como de estudiantes, Liza Quillyn, quien dirige el Colegio, decide sellarlo, haciendo imposible que nadie entre o salga del recinto. Esto deja a Philomela Sargant sin posibilidad de seguir la orden de su abuela Lizbeth de abandonar la escuela.
Atrapada dentro del Colegio, Chise Hatori y sus compañeros comienzan a adaptarse a su situación desconocida y tensa. Sin embargo, a medida que pasan los días, la condición de Philomela sigue empeorando, tanto mental como físicamente. Al mismo tiempo, salen a la luz más detalles sobre la dolorosa historia de Lucy Webster, la compañera de cuarto de Chise. Mientras Chise lidia con preocupaciones por sus amigos y su propio ser cambiante, la verdadera identidad del misterioso culpable que drena la magia y acecha el Colegio puede finalmente ser revelada.