El reino virtual dentro del scub coral —formas de vida coralinas inteligentes— creado por Eureka colapsó hace diez años, haciendo que sus habitantes aparecieran en la Tierra. Tras esta fusión a gran escala, los humanos del mundo virtual se autodenominan "Green Earth", mientras que los humanos originales de la Tierra son conocidos como "Blue Earth", lo que provoca repetidos conflictos subterráneos entre ambos grupos. Finalmente, Dewey Novak, un oficial superior de las Fuerzas Armadas de Green Earth, se alza junto a sus camaradas y pone en marcha un plan de terrorismo a gran escala para proteger su propia dignidad.
Mientras tanto, Eureka, despreciada por el mundo como la causa principal del caos, se ha convertido en una combatiente de alto nivel en la unidad A.C.I.D. de la ONU. Vivir para mantener la paz en este mundo es el camino de expiación que ha elegido. Un día, recibe la orden de proteger a una chica llamada Iris, una nueva "Eureka" que posee la habilidad de controlar el scab coral. Al principio chocan con frecuencia, pero gradualmente llegan a entenderse mutuamente durante su solitaria huida. Pronto el mundo se enfrenta a una crisis, y cuando eso ocurre, Eureka apela hasta la última gota de su fuerza mientras lucha. "Quiero proteger a Iris y a este mundo". ¿Qué futuro le espera al final de ese deseo?
