Junjou Romantica entrelaza las historias de tres parejas mientras cada una emprende su propio romance de "corazón puro".
En Junjou Romantica, el aspirante a la universidad Misaki Takahashi y su tutor, el célebre novelista Akihiko Usami, tienen una relación tensa. De no ser por Takahiro —el querido hermano mayor de Misaki y mejor amigo de Usami—, los dos nunca se habrían conocido. Pero cuando Misaki descubre una novela boys-love explícitamente sexual con personajes sorprendentemente similares a Usami y Takahiro —claramente escrita por Usami—, sus dudas sobre las intenciones ocultas del hombre hacia su hermano se confirman. Tras una acalorada discusión, Misaki y Usami acuerdan un alto al fuego. Esto es, hasta que Takahiro los visita con su nueva prometida. Misaki debería estar encantado, sin embargo, mientras Usami ofrece tranquilamente sus felicitaciones, ¿por qué siente Misaki esta ira desconocida hacia su hermano?
Junjou Egoist sigue a Hiroki Kamijou, quien, con resaca y con el corazón roto por un amor no correspondido, llora en un banco del parque cuando por poco es alcanzado por un pequeño cohete. El dueño del cohete, Nowaki Kusama, ve sus lágrimas y se niega a dejarlo solo, convenciendo finalmente a Kamijou para que le dé clases particulares para su examen de equivalencia de secundaria. Pero cuando el objeto del afecto no correspondido de Kamijou se presenta en su puerta, Nowaki reclama a Kamijou para sí mismo y confiesa sus propios sentimientos. ¿Cómo manejará el orgulloso Kamijou esta "tormenta" que amenaza con ahogarlo a él y a su corazón en amor?
En Junjou Terrorist, Shinobu Takatsuki cree que el destino lo unió a You Miyagi, quien lo rescató de una extorsión tres años antes. Las cosas se complicaron cuando se convirtieron en cuñados —Miyagi se casó con la hermana mayor de Shinobu—, por lo que el anuncio de su divorcio le da a Shinobu la oportunidad ideal para finalmente estar con su héroe. Sin embargo, Miyagi no recibe bien los avances de este "terrorista" demasiado joven que ignora su diferencia de edad y su complicado pasado. Intenta ahuyentarlo, pero Miyagi subestima lo decidido que está Shinobu y que superará cualquier obstáculo por su "amor destinado".