Tres chicas de instituto —la apasionada Hikaru Shidou, la orgullosa Umi Ryuuzaki y la gentil Fuu Hououji— se encuentran por primera vez en la Torre de Tokio. Escuchan un desesperado ruego de ayuda y son arrastradas de repente a otro mundo. Allí las recibe Guru Clef, un hombre de aspecto notablemente joven, que les dice que son las legendarias Magic Knights convocadas por la princesa Emeraude para rescatar el reino mágico de Cephiro.
Hikaru está emocionada con la aventura, pero Umi y Fuu solo quieren volver a casa. Clef explica que regresar es imposible hasta que salven Cephiro y expulsen a los monstruos que lo amenazan. Para ello, deben liberar a la princesa Emeraude del poderoso Lord Zagato. Y para tener alguna posibilidad contra él, necesitan despertar a unos seres misteriosos conocidos como los Rune Gods.
Después de que Clef les conceda armadura y magia, uno de los sirvientes de Zagato ataca, lo que obliga al gurú a enviar a las chicas con Presea, maestra en la forja de armas, y con Mokona, que actúa como guía con apariencia de conejo, quienes las prepararán para su misión. Aunque el camino es largo, Hikaru, Umi y Fuu están decididas a demostrar que son dignas del título de Magic Knights y llevar la salvación a Cephiro.