En algún lugar de Vladivostok, Rusia, se ha ejecutado una transacción sin problemas. Una amenaza inminente surge: un virus letal que puede matar en tres horas desde la exposición ha sido adquirido por una misteriosa mujer llamada Maya.
En la Academia Mishiro en Japón, Fujimaru Takagi parece un estudiante común. En realidad, una vez fue famoso por exponer los crímenes y la corrupción de figuras poderosas gracias a sus extraordinarias habilidades de hacking —el legendario "Falcon" que desapareció de repente del ciberespacio. Solo los miembros de Third-I, una división ultrasecreta de la Agencia de Inteligencia de Seguridad Pública liderada por el padre de Fujimaru, Ryunosuke, y su amigo Otoya Kujou, conocen su pasado.
Tras el asesinato de un agente de la KGB en Japón, la única pista es un chip de memoria descubierto en la escena del crimen. Third-I recurre a Fujimaru para descifrar el chip, que revela un video de un evento conocido como la "Christmas Massacre". Mientras el padre de Fujimaru investiga el asesinato más a fondo, descubre detalles sobre el homicidio y un código críptico llamado "Bloody Monday" —solo para ser incriminado por el asesinato de su propio superior. Ahora, Fujimaru, experto en hacking, debe usar sus habilidades para ayudar a Third-I a detener la propagación del terror y la devastación en Japón, mientras se esfuerza por demostrar la inocencia de su padre.