Negi Springfield, un mago de diez años que acaba de graduarse de la Academia de Magia Merdiana en Gales, tiene dos objetivos: localizar a su padre desaparecido, el legendario Thousand Master, y convertirse en un Magister Magi —un mago que ayuda al mundo ordinario con magia—. Para lograr este segundo objetivo, recibe una tarea final: enseñar inglés en una escuela secundaria japonesa.
Para su sorpresa y consternación, descubre que su clase de tutoría está compuesta por treinta y una chicas, y accidentalmente revela su identidad mágica a una de ellas, Asuna Kagurazaka. Ahora, obligado a lidiar con el conocimiento de ella, Negi debe trabajar para mantener su secreto a salvo mientras enfrenta amenazas mágicas que surgen tanto dentro como fuera de la Academia Mahora, todo mientras continúa la búsqueda de su padre perdido.