Se dice que la mayoría de las personas nacen con una habilidad especial llamada "Iris", que se manifiesta en forma de señales visuales, desde detectar mentiras hasta predecir peligros. Sin embargo, Tooru Mizushima, un estudiante de secundaria, es uno de los pocos individuos que carece de un Iris. Etiquetado como "Iris Zero", sufre acoso constante y, por lo tanto, intenta pasar desapercibido.
Pero cuando la popular compañera de clase Koyuki Sasamori irrumpe en su vida, su política de mínima exposición se viene abajo por completo. El Iris de Koyuki le permite ver a la persona más adecuada para cualquier tarea determinada, y señala a Tooru como el mejor candidato para ayudarla a encontrar al próximo presidente del consejo estudiantil.
Tooru no quiere tener nada que ver con una empresa tan pública, pero la alegre persistencia de Koyuki termina por conquistarlo. A medida que se involucra con más personas y aplica su excepcional razonamiento deductivo para resolver diversos misterios, la solitaria existencia de Tooru como un Iris Zero comienza a cambiar lentamente.