A los ocho años, Yuuichirou Amane pierde a sus padres y es acogido en el orfanato Hyakuya, donde le cuesta conectar con su nueva "familia". Sin embargo, ese problema pasa a ser el menor cuando de repente estalla una pandemia masiva que mata a todas las personas mayores de 13 años. Aprovechando el caos, vampiros que hasta entonces permanecían ocultos bajo tierra emergen y esclavizan a los humanos supervivientes, usándolos como ganado para extraer sangre.
Cuatro años después, Yuuichirou y su familia se han acostumbrado a la vida bajo el control vampírico, aunque Yuuichirou aún alberga el deseo de matar a todos los vampiros y poner fin a su opresión. Esto causa frecuentes roces con Mikaela Hyakuya, otra persona que crece en el orfanato, quien insiste en la importancia de usar el ingenio y los recursos para sobrevivir. Al ganarse el favor de vampiros de alto rango, Mikaela obtiene información privilegiada y la usa para orquestar una audaz fuga. Pero durante el intento, el grupo de huérfanos es interceptado por Ferid Bathory, oficial de los vampiros, quien procede a masacrarlos. Yuuichirou es el único superviviente que llega a la superficie, donde lo encuentra la Moon Demon Company, una unidad militar dedicada a cazar vampiros. Al recibir una invitación para unirse, Yuuichirou acepta sin dudar, consiguiendo por fin una oportunidad para alcanzar sus metas y vengar a su familia.