Una adolescente posee los 'Mystic Eyes of Death Perception', un poder sobrenatural que le permite ver la 'muerte' inherente en todas las cosas y destruir un objeto al cortar su 'origen'. Acaba de despertar de un coma de dos años causado por un accidente automovilístico. Antes del accidente, tenía dos personalidades: una masculina llamada Shiki (織) y la personalidad femenina original, también llamada Shiki (式). Los niños nacidos en la familia Ryougi son normalmente varones y se crían con dos personalidades, por lo que la personalidad masculina se denomina tradicionalmente personalidad 'yang' y la femenina 'yin'. Puede determinarse qué Shiki está hablando en cada momento por sus patrones de habla distintivos—más notablemente, la Shiki femenina usa el pronombre watashi (私), mientras que el Shiki masculino usa ore (俺). Después de salir del coma, Shiki descubre que ya no puede sentir la presencia del Shiki masculino y cree que murió en el accidente. También se siente desconectada de sus recuerdos previos al accidente; aunque sabe que es Shiki, no se siente como si lo fuera. En un intento de recuperarse a sí misma y al Shiki 'muerto', adopta una apariencia fría que se asemeja al comportamiento del Shiki masculino e intenta comportarse como la Shiki femenina solía hacerlo. Touko comprende la sensación de desapego que Shiki experimenta, pero considera que la Shiki actual es una tercera personalidad completamente nueva.
La serie está ambientada en el mismo universo que otra obra de TYPE-MOON, Tsukihime. Touko Aozaki, hermana de Aoko Aozaki, aparece en esta serie, y la protagonista, Shiki Ryougi, comparte las mismas habilidades que el protagonista de Tsukihime, Shiki Tohno.