Tradicionalmente, los ninjas en Japón eran conocidos por su lealtad inquebrantable a sus amos, pero en la actualidad, el estudiante de secundaria Rekka Hanabishi —quien se proclama a sí mismo un ninja— lucha por mantener ese legado. Esto cambia cuando rescata a una chica gentil llamada Yanagi Sakoshita de un grupo de delincuentes.
Tras el incidente, Rekka decide que Yanagi es digna de ser su maestra y jura protegerla. Como muestra de su vínculo, revelan sus secretos más profundos: Yanagi posee la capacidad de curar heridas rápidamente, mientras que Rekka puede invocar llamas con un chasquido de sus dedos. Pero este intercambio no pasa desapercibido. Una misteriosa mujer llamada Kage Houshi aparece, consciente de sus poderes, y los amenaza. Insiste en que Rekka debe ser devuelto a ella, alegando que es el único que puede matarla.
Aunque la pareja se mantiene firme, Kage Houshi se marcha tranquilamente antes de que la situación se intensifique. Pensando que el peligro ha pasado, Rekka y Yanagi retoman su vida cotidiana, sin saber que están a punto de verse envueltos en una conspiración ninja centenaria que pondrá en riesgo sus propias vidas y las de sus amigos.