Una deidad menor sin adoradores, Yato, el dios de las entregas, acepta trabajos ocasionales por solo cinco yenes, esperando ahorrar suficiente dinero para algún día comprarse un santuario. Además de su oscuridad, se enfrenta a otro problema: su Shinki—su compañero de armas—renuncia, cansado de servir a un dios sin hogar. Sin arma, Yato continúa aceptando trabajos en busca de un nuevo compañero.
Mientras pega carteles de un gato perdido, Yato ve al gato y lo persigue, corriendo directamente hacia un vehículo que se acerca. Una chica cercana, Hiyori Iki, lo empuja fuera del camino y resulta herida. Al despertar en el hospital, se da cuenta de que el accidente ha separado su alma de su cuerpo. Consciente de que sus acciones causaron esto, Yato promete devolver a Hiyori a la normalidad—por cinco yenes, por supuesto. Pero para arreglar su condición, necesita un nuevo Shinki, el cual encuentra en el espíritu rebelde Yukine.
Noragami sigue a una chica que camina en la línea entre dos mundos y la búsqueda de un dios errante por un lugar que pueda llamar suyo.