Lo último que Natsu Iwashimizu recuerda de su familia es compartir sus platos favoritos con ellos. Pero cuando despierta de ese sueño, se encuentra a bordo de un barco que se hunde, rescatada por tres desconocidos: Arashi Aota, una persona de buen corazón pero de mal genio; Semimaru Asai, que disfruta burlándose de la personalidad tímida de Natsu; y Botan Saotome, una mujer capaz que parece entender lo que está sucediendo. Tras escapar, los cuatro navegan hacia una isla deshabitada.
Sin que ellos lo sepan, esta isla misteriosa es en realidad Japón. Un meteorito chocó contra la Tierra, aniquilando a la humanidad y alterando drásticamente el medio ambiente. Para repoblar, el gobierno lanzó el proyecto "7 Seeds", dividiendo a las personas en cinco equipos: Spring, Summer A, Summer B, Autumn y Winter, cada uno compuesto por siete individuos jóvenes y sanos y un guía. Natsu y sus compañeros forman parte de Summer B, un grupo etiquetado como marginados sociales.
Para conseguir más recursos, el grupo debe localizar uno de los siete refugios construidos por el gobierno. En un mundo hostil y desconocido sin seres queridos en quien confiar, los cuatro deben aprender a cooperar si quieren sobrevivir.