Serebii, un Pokémon legendario con el poder de viajar en el tiempo, es perseguido por un cazador furtivo sin nombre que quiere capturarlo. Cuando Yukinari, un joven que entrena Pokémon y disfruta dibujándolos, intenta ayudar a Serebii después de que este choca contra él, ambos desaparecen repentinamente sin dejar rastro durante la huida.
Cuarenta años después, Satoshi, un entrenador ambicioso, explora su zona local con la esperanza de avistar Pokémon raros. White, quien transporta en bote, lleva a Satoshi a su aldea. A Satoshi lo acompañan sus tres amigos más cercanos: Takeshi, quien antes fue líder de gimnasio y se prepara para ser un criador Pokémon de élite; Kasumi, una joven que aspira a convertirse en una hábil entrenadora de tipo Agua; y Pikachu, el primer Pokémon compañero de Satoshi.
Al mismo tiempo, Yukinari y Serebii reaparecen en el presente de Satoshi y se encuentran con su grupo. Lord Vicious, el ejecutivo más poderoso del Team Rocket, tiene como objetivo capturar a Serebii. Usando la Dark Ball —un tipo especial de Monster Ball que corrompe a cualquier Pokémon capturado en su interior y desata su máxima fuerza—, Vicious convierte a Pokémon inocentes en enemigos peligrosos y poderosos, incluido el propio Serebii. Atrapados en una situación difícil, Satoshi, Yukinari y sus amigos deben unir fuerzas para derrotar a Vicious y rescatar a Serebii, así como a ellos mismos.