Ha transcurrido un siglo desde los eventos de Harukanaru Toki no Naka de 2 (dos siglos después del anime original) dentro de la línea temporal pasada, mientras que en el futuro solo ha pasado un breve lapso. La estudiante de secundaria Kasuga Nozomi se encuentra con un misterioso chico en su campus, y él la transporta a través del tiempo y el espacio a Kyou, un reino que se asemeja a Kioto cerca del final del período Heian. Allí, el clan Minamoto (Genji), bajo Minamoto no Yoritomo, lucha contra el clan Taira (Heike), liderado por Taira no Kiyomori. Los Heike intentan derrotar a los Genji liberando espíritus vengativos que perturban el flujo de energía natural de la tierra y aterrorizan la región. El chico resulta ser la encarnación humana de Hakuryuu, el Dios Dragón Blanco que protege Kyou, pero su poder se ve disminuido por la presencia de los espíritus vengativos. Como Hakuryuu no Miko, Nozomi se alía con los Genji, ya que Hakuryuu no puede devolverla a su hogar hasta que recupere su poder.