En el empobrecido Pueblo Tison del Imperio Parthevia, Sinbad nace de Badr, un soldado retirado exhausto, y su bondadosa esposa Esra. Su nacimiento envía una oleada radiante a través del rukh, señalando a los usuarios de magia más poderosos que el «Niño del Destino» ha llegado. Aunque su país sufre dificultades económicas y las secuelas de la guerra, Sinbad disfruta de una vida alegre — hasta que alguien desconocido aparece, quebrantando su paz, y la tragedia sobreviene.
Años después, unas estructuras misteriosas conocidas como «dungeons» han aparecido por todo el mundo, y se rumorea que guardan un inmenso poder y tesoros. Aventureros y ejércitos se sienten atraídos por ellas, pero nadie ha regresado jamás. Ahora con catorce años, Sinbad se ha convertido en un joven encantador y talentoso. Impulsado por los traumáticos eventos de su infancia y los consejos de su padre, ansía explorar más allá de su aldea. Como guiado por el destino, Sinbad conoce al enigmático viajero Yunan. Conmovido por la historia y las ambiciones de Sinbad, Yunan lo dirige hacia un dungeon que supuestamente contiene el poder que Sinbad necesita para alcanzar sus metas — el «poder de un rey».
Magi: Sinbad no Bouken narra el viaje temprano de Sinbad mientras recorre el mundo, perfeccionando sus habilidades e influencia, reuniendo aliados y poder, destinado finalmente a convertirse en el Gran Rey de los Siete Mares.