Tras un atentado terrorista contra una instalación nuclear en Japón, solo queda la palabra "VON", pintada en rojo. El gobierno está paralizado por su incapacidad para responder, y las fuerzas del orden se esfuerzan por encontrar a los culpables. El público permanece en la oscuridad hasta que, seis meses después, un misterioso video aparece en internet. En él, dos adolescentes que se hacen llamar "Sphinx" lanzan un desafío directo a la policía, amenazando con desatar el caos y la destrucción en Tokio. Mientras el pánico masivo se apodera de la ciudad y las pistas escasean, la policía lucha por montar una respuesta efectiva, con el detective Kenjirou Shibazaki atrapado en el centro de la turbulencia.
Zankyou no Terror sigue a Nine y Twelve, los dos chicos que están detrás de las identidades enmascaradas de Sphinx. No deberían existir, pero se mantienen firmes en un mundo de mentiras y secretos, poniendo de rodillas a la ciudad mientras intentan sepultar su propio trágico pasado.