Makoto Naegi es un estudiante de secundaria completamente ordinario, sin talentos destacados, por lo que queda atónito al recibir una carta de aceptación de la Academia Hope's Peak, una escuela prestigiosa que solo admite a individuos que sobresalen en sus campos elegidos. Él supone que su invitación es un golpe de suerte, pero igual está emocionado de asistir a una escuela famosa por producir los mejores talentos. Lleno de determinación, entra por la gran puerta de la academia.
Una vez dentro, sin embargo, se desmaya de repente y despierta en un aula desconocida. Desorientado, Naegi explora el edificio y encuentra a otros estudiantes reunidos en el gimnasio. Mientras intentan entender su situación, el director hace su aparición: un oso de peluche robótico llamado Monokuma. Esta espeluznante mascota les informa que están atrapados dentro de la escuela, y la única manera de salir es matar a otro estudiante sin ser descubierto.
Aterrorizados, Naegi y los demás se dan cuenta de que sus únicas opciones son participar en el mortal juego de Monokuma o pasar el resto de sus vidas prisioneros en el campus.