Lain Iwakura, una estudiante de catorce años tímida y socialmente desajustada, recibe un extraño correo electrónico de Chisa Yomoda, una compañera de clase que se suicidó recientemente. Aunque carece de interés o experiencia tecnológica, Lain abre el mensaje, lo que la traslada a la Wired, una red digital de comunicación análoga a la internet del mundo real. Su vida se desestabiliza al toparse con una serie de acertijos enigmáticos. Figuras conocidas como los Men in Black empiezan a rondar su vecindario, interrogándola con un conocimiento de su vida que excede su propia autoconciencia. A medida que el límite entre la realidad física y el ciberespacio se difumina, Lain se ve envuelta en situaciones progresivamente surrealistas que cuestionan las nociones tradicionales de identidad, conciencia y percepción. Creado por Chiaki J. Konaka, autor de Texhnolyze, Serial Experiments Lain es un misterio psicológico y vanguardista que rastrea las decisiones cruciales de Lain, las cuales resuenan tanto en el mundo tangible como en la Wired. Solo Lain puede comprender el verdadero peso de estas existencias duales mientras un reino se cierra y otro se abre.