Mientras busca a Nyanko-sensei, Takashi Natsume se encuentra con un tímido youkai de aspecto pequeño llamado Mitsumi. Mitsumi ha sido elegido por su líder Gantetsu, un ayakashi poderoso e imponente, para servir como el "Ishi Okoshi" del año —un rol que requiere despertar a Gantetsu de su profundo sueño. Al notar lo ansioso que está Mitsumi por demostrar que es un sirviente digno, Natsume acepta ayudarlo a cumplir la tarea. Pero el tiempo se acaba, y no son los únicos que esperan despertar al ser divino.
Un día, un hombre extraño visita a Kaname Tanuma, el amigo de Natsume. Durante los días siguientes, el visitante habla brevemente con Tanuma cada vez antes de irse. Natsume pronto descubre que el forastero es en realidad un youkai disfrazado de humano, que afirma no tener malas intenciones. Aunque Tanuma confía en el youkai, su salud comienza a debilitarse lentamente, lo que hace que Natsume desconfíe cada vez más del intruso. ¿Cuál es la verdad detrás de su repentina llegada y su conexión con Tanuma?