Dos años tras el fin de la Cuarta Gran Guerra Ninja, Konohagakure vive en paz, pero la tranquilidad se quiebra cuando el Sexto Hokage, Kakashi Hatake, advierte que la luna se acerca peligrosamente a la Tierra, poniendo en riesgo la existencia del planeta. Ante esta amenaza, aparece un nuevo villano, Toneri Ootsutsuki, quien secuestra de forma repentina a Hanabi, la hermana menor de Hinata Hyuuga. Kakashi organiza un equipo de élite compuesto por Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai e Hinata para liberar a Hanabi de las garras de Toneri. No obstante, la misión se ve obstaculizada por múltiples desafíos que frustran sus avances. El rapto de Hanabi pone a prueba los lazos del grupo, y mientras el mundo pende de un hilo ante la aniquilación, deben correr contra el tiempo para salvar su hogar. Paralelamente, a medida que avanza el conflicto, Naruto se ve empujado a luchar por algo más trascendente de lo que jamás imaginó: el amor.