En el año 41 de la Era Shinka, un luminoso día de julio, Jirou Hitoyoshi es asignado para espiar en secreto una reunión confidencial entre un científico de alto rango del gobierno y un espía industrial. Pero su cobertura es descubierta, y el espía resulta ser un alienígena disfrazado. Durante el consiguiente alboroto, Jirou pide ayuda a la camarera de café y chica mágica Kikko Hoshino; ella es uno de los muchos "superhumanos" que viven ocultos dentro de la sociedad, protegiendo silenciosamente a la humanidad de peligros extraterrestres. Como agente del Laboratorio de Investigación de Superpoblación del gobierno, el trabajo de Jirou es doble: proteger a los superhumanos que defienden a las personas, y eliminar a aquellos considerados demasiado peligrosos para existir. Después de demostrar ser una aliada confiable, Kikko es invitada a unirse a la agencia como su miembro más reciente.
Cinco años después, la desaprobación y la hostilidad hacia los superhumanos se han generalizado en Tokio. Entre la corrupción gubernamental, las ideas enfrentadas de justicia y la ética de los derechos de los superhumanos, el equilibrio entre los humanos y la minoría sobrenatural es frágil, con susurros de malestar e inquietud extendiéndose por todo el mundo. Bajo circunstancias misteriosas, Jirou ha traicionado a la agencia y ahora es un fugitivo prófugo. Mientras se escabulle por los callejones lluviosos de Shinjuku, es perseguido por los mismos superhumanos que una vez reclutó.