Hacia el final de la era Bakumatsu, existió un asesino legendario conocido como Hitokiri Battousai. Temido en todo Japón por su crueldad inigualable, desapareció sin dejar rastro en el clímax de la Revolución Japonesa. Una década de paz ha transcurrido desde entonces, pero el simple nombre de Battousai sigue helando la sangre de los veteranos de guerra.
Sin que ellos lo sepan, Battousai ha abandonado su pasado sangriento para expiar sus pecados, viviendo ahora como Kenshin Himura, un espadachín errante alegre y de voluntad inquebrantable. Tras jurar no volver a quitar ninguna vida, Kenshin se dedica a proteger a los más débiles.
Un día, se encuentra con Kaoru Kamiya en su dojo de kendo, el cual está siendo amenazado por un impostor que se hace pasar por Battousai. Tras ayudarla, Kaoru le invita a quedarse en el dojo, y el antiguo asesino decide pausar sus viajes por un tiempo.
Rurouni Kenshin: Meiji Kenkaku Romantan sigue a Kenshin en su esfuerzo por rescatar a quienes lo necesitan. Sin embargo, a medida que enemigos de su pasado y de su presente comienzan a surgir, ¿podrá este asesino reformado mantener sus nuevos principios?