La gran inauguración de la nueva línea de metro de Tokio, la Línea Touto, se ve interrumpida por un atentado con bomba. El gobernador de Tokio queda atrapado en la explosión a bordo del tren, pero gracias a la rápida intervención de Conan Edogawa, él y los demás pasajeros son rescatados sanos y salvos.
Curioso por el incidente, Conan investiga el pasado político del gobernador y descubre que este fue responsable de demoler un pueblo en Niigata para dar paso a la presa Kitanosawa. Sospechando que el ataque está relacionado con esa construcción, Conan, junto con Ran Mouri, Kogorou Mouri, el profesor Agasa, Sonoko Suzuki y los Detective Boys, se dirige al pueblo para investigar.
Allí se encuentran con antiguos residentes del viejo pueblo. Pero a medida que un misterio se profundiza, una de esas personas del lugar aparece asesinada. Conan, al percibir un plan más oscuro, está decidido a descubrir la verdad detrás de ambos incidentes antes de que sea demasiado tarde.