Dos años después de la derrota de Galactor y la aparente muerte de Condor Joe, el Líder X ataca un crucero, matando a casi todos los que iban a bordo. Una sobreviviente, una joven, es capturada por X y envejece rápidamente hasta convertirse en la extraña Gel Sadra, una villana de voz varonil. A pesar de su apariencia adulta, Gel Sadra frecuentemente tiene rabietas infantiles y se comporta de manera inmadura.
A medida que Galactor revive, el Science Ninja Team es llamado nuevamente a la acción, con un hombre sospechoso llamado Hawk Getz actuando como reemplazo de Joe. Getz pronto se revela como un agente de Galactor disfrazado que asesinó al verdadero Getz, y es asesinado por un shuriken de plumas misterioso. Después de pistas en los primeros tres episodios, Joe reaparece en el cuarto episodio, habiendo sobrevivido de alguna manera a sus heridas fatales de la serie original, y se reúne con el equipo. Más tarde se revela que alguien del equipo científico de Galactor lo rescató al borde de la muerte y le otorgó varias mejoras cibernéticas.
Más adelante en la serie, se presenta a una científica llamada Dra. Pandora, que perdió a su esposo y a su hija en el desastre del crucero. Sin que ella lo sepa, su hija Sammie sobrevivió y en realidad es Gel Sadra.
