Sinopsis
La tranquila vida de Ayato Kamina como estudiante de secundaria se ve alterada cuando aviones de combate futuristas atacan Tokio repentinamente. En el caos, conoce a una mujer llamada Haruka Shitow, quien afirma pertenecer a una organización gubernamental llamada TERRA. Ella revela que Ayato ha estado viviendo dentro de una burbuja temporal llamada Tokio Jupiter, creada por los Mulianos —humanoides de otra dimensión— para aislar y conquistar Tokio. TERRA ha estado intentando atravesar la barrera de la ciudad desde entonces. Abrumado por esta revelación, Ayato entra en pánico y huye. Se topa con su compañera de clase Reika Mishima, quien lo lleva al Santuario de Xephon, donde un gran huevo duerme. Ella comienza a cantar, y un poder desconocido despierta en Ayato, conectándolo con un ser llamado RahXephon que rompe el huevo. Haruka pronto lo encuentra de nuevo y le insta a unirse a su causa de luchar contra los Mulianos. Atrapado entre el fuego cruzado de los Mulianos y TERRA, Ayato comienza a cuestionar su propósito, lidiando con recuerdos alterados y, en última instancia, con su propia identidad en este nuevo mundo caótico.