Shinichi Kudou es un detective de instituto famoso por resolver numerosos casos difíciles. Un día, mientras sigue a dos hombres sospechosos que ha visto, tropieza accidentalmente con un crimen perturbador. Sorprendido in fraganti, los hombres le obligan a ingerir una droga experimental de su sindicato criminal, dándolo por muerto. Para su asombro, Shinichi sobrevive, pero su cuerpo se ha encogido al de un niño de siete años.
Conservando su mente aguda, oculta su verdadera identidad a todos, incluida su amiga de la infancia Ran Mouri y el padre de esta, el detective privado Kogorou Mouri. Adopta el alias de Conan Edogawa, un nombre derivado de los escritores de misterio Arthur Conan Doyle y Ranpo Edogawa.
Como Conan, Shinichi resuelve en secreto los casos de Kogorou desde las sombras usando sus excepcionales habilidades detectivescas, mientras investiga encubiertamente la organización que causó su transformación, con la esperanza de revertir algún día los efectos de la droga.