La invasión de los seres extraterrestres conocidos como Amanto ha sumido a los samuráis del Japón feudal en un estado de ruina y desesperanza. Despojados de sus armas y estatus social, son recibidos con desdén y abandono mientras los Amanto dominan la nación sin piedad. En un esfuerzo por restaurar el honor de los samuráis, Kotarou Katsura, líder de la Facción Antiextranjeros, jura eliminar a los Amanto, incluso si para ello debe recurrir a la violencia extrema. Utilizando un enorme mecha, se prepara para lanzar un ataque contra el Shinsengumi, un grupo de samuráis de élite juramentados para mantener el orden en Edo. Al mismo tiempo, Gintoki Sakata y sus compañeros de Yorozuya salen a disfrutar de los cerezos en flor, solo para ser confrontados por el Shinsengumi, que acusa a Gintoki de haber usurpado su lugar preferido para ver las flores. Esta disputa escala rápidamente hasta convertirse en una caótica pelea, que ambas facciones resuelven finalmente mediante un juego de piedra, papel o tijera de alto riesgo que involucra tácticas sorprendentemente salvajes.