En noviembre de 1998, ocurre un doble asesinato en el recién construido complejo de apartamentos Ogawa, en el centro de la ciudad de Mifune. Tomoe Enjou, quien cometió el crimen, huye presa del pánico. Para su sorpresa, la policía no lo persigue y el incidente no recibe cobertura mediática. Después de que Shiki Ryougi proteja a Tomoe de un grupo de matones, ella lo deja esconderse en su casa. Unos días después, Tomoe se horroriza al descubrir que su madre sigue viva, aunque está seguro de haberla matado.
Mientras tanto, Mikiya Kokutou investiga una pista que su asociada Touko Aozaki recibe sobre el asesinato en el inusual complejo de apartamentos. A medida que Mikiya descubre más detalles del incidente, se interesa especialmente por Tomoe. Decidido a indagar más a fondo, Mikiya pronto conoce la perturbadora verdad detrás del siniestro complejo Ogawa.
La quinta entrega de la serie de películas Kara no Kyoukai, Mujun Rasen, combina un misterio intrincadamente construido con temas y personajes ya establecidos para crear una historia oscura y que invita a la reflexión.