Hacia el año 2011, un sector de la humanidad empezó a despertar facultades psicoquinéticas denominadas Cantus. Tras más de un milenio, en la aldea de Kamisu 66, Saki Watanabe es la última de su grupo de amigos en manifestar sus poderes e ingresar a la Academia Sage, una institución para psíquicos. A pesar de que todos los alumnos poseen Cantus, no reciben un trato equitativo; poco después de que Saki comience, un compañero percibido como más débil que los demás desaparece de forma repentina.
En una ocasión, mientras regresa a casa junto a sus amigos —la resuelta Maria Akizuki, el astuto Shun Aonuma, el observador Satoru Asahina y el tímido Mamoru Itou—, topa con dos criaturas desconocidas llamadas Ratas Monstruo. Estos seres similares a topos veneran a quienes controlan el Cantus como si fueran dioses. Cuando Saki emplea su habilidad para auxiliar a una de ellas en una situación difícil, recibe una profunda gratitud.
Al empezar a dudar sobre el lugar de las Ratas Monstruo en la sociedad, Saki y sus compañeros descubren otra desaparición. Con el paso del tiempo, buscan gradualmente respuestas a los misterios que los rodean y comienzan a comprender que este nuevo mundo, aparentemente perfecto, oculta la oscura historia de la humanidad.