Sinopsis
Esta temporada continúa directamente desde Zero Duel Masters, manteniendo su escenario alternativo, trama y elenco. La única diferencia entre las dos temporadas es el cambio de animación 2D a 3DCGI. Retoma la historia después del duelo entre Shobu y Hakuoh, revelándose más tarde que Hakuoh y Jura han estado trabajando junto a Professor March, antagonista principal de la serie, cuyo objetivo es tomar el control de todas las criaturas recolectando cada Duel Orb.