Sinopsis
Tras la victoria de Medaka Kurokami y su Consejo Estudiantil sobre Myouri Unzen, la Academia Hakoniwa disfrutó brevemente de la paz, pero esta no dura mucho. Medaka, Zenkichi Hitoyoshi, Kouki Akune y Mogana Kikaijima pronto se ven envueltos en un nuevo siniestro complot llamado el «Plan Flask», orquestado por el propio director de la escuela. Antes de poder enfrentarse a eso, el consejo debe lidiar primero con un nuevo grupo de estudiantes superhumanos que se hacen llamar los «Thirteen Party», liderados por el arrogante pero formidable Oudo Miyakonojou. Entre el misterioso Plan Flask, la tiranía de Oudo y el regreso de un viejo adversario, la Academia Hakoniwa sigue lejos de la calma, dejando a Medaka y sus amigos abrumados mientras las cosas se vuelven aún más anormales.
