Hace treinta años, un cataclísmico terremoto espacial arrasó la masa continental euroasiática, matando a más de 150 millones de personas en un fenómeno de origen desconocido. Desde entonces, el mundo ha sufrido perturbaciones sísmicas periódicas, aunque más leves. Shidou Itsuka, un estudiante de secundaria común que vive con su hermana menor Kotori, ve su vida trastocada cuando un masivo terremoto espacial amenaza la Ciudad Tengu. Apresurándose a salvar a Kotori, Shidou es arrastrado al epicentro y se encuentra con una misteriosa chica conocida como un Espíritu, una entidad de otro mundo capaz de desencadenar estos desastres. Atrapado entre el Espíritu y el Anti-Spirit Team, un grupo militarista dedicado a su destrucción, Shidou también se topa con Ratatoskr, una facción dedicada a proteger a los Espíritus. Notablemente, esta organización está liderada por su propia hermana, Kotori. Ella recluta a Shidou para ayudar a neutralizar la amenaza mediante un método peculiar: debe hacer que los Espíritus se enamoren de él. Con la supervivencia del planeta en juego, Shidou debe confiar en su destreza romántica para encantar a cada Espíritu y sellar su poder.