Sinopsis
Tras la aparente destrucción definitiva del Líder X al final de Gatchaman II, un fragmento sobreviviente de él crece y se transforma en Z. Junto con el cabeza de la familia Egobossler, el Conde Egobossler (y sus dos subordinados Mechandol y Kempler), Z se propone destruir la Tierra y atacar nuevamente al Science Ninja Team. Tras la muerte de Anderson, el Dr. Nambu se convierte en el nuevo líder de la ISO, mientras que el equipo queda confinado en la base submarina Gallatown (también llamada "G-Town"). Se presenta a Kamo, miembro del equipo de ingeniería, y después de que el New GodPhoenix es destruido al principio, el equipo recibe el nuevo Gatchaspartan como su mecha. El Gatchaspartan también tiene un modo especial llamado Hypershoot, que solo Ken puede usar (con su nueva espada "Gatchafencer"). A medida que la historia avanza, se revela que la exposición a la radiación por el uso frecuente del Hypershoot está matando lentamente a Ken, y el uso continuado resultaría en la muerte. Mientras tanto, Z planea destruir la Tierra usando un asteroide de antimateria con el nombre clave "Poison Apple".